Sejarah MTs Negeri 3 Musi Banyuasin (MTsN 3 Muba) memiliki keterkaitan erat dengan perkembangan pendidikan Islam di wilayah Lawang Wetan. Berikut adalah ringkasan sejarahnya:
1. Cikal Bakal (MTs Negeri Bumiayu)
Sebelum menyandang nama MTsN 3 Muba, madrasah ini awalnya dikenal sebagai MTs Negeri Bumiayu. Sekolah ini terletak di Dusun II Desa Bumi Ayu, Kecamatan Lawang Wetan, Kabupaten Musi Banyuasin.
2. Peran sebagai Madrasah Induk
Pada masa awalnya, MTs Negeri Bumiayu merupakan institusi pendidikan yang mapan hingga memiliki “kelas jauh” atau filial. Pada 25 Oktober 1993, kelas jauh dari madrasah ini secara resmi memisahkan diri dan menjadi MTs Negeri Sekayu (yang kini menjadi MTsN 1 Musi Banyuasin)
3. Perubahan Nama Menjadi MTsN 3 Muba
Transformasi nama menjadi MTs Negeri 3 Musi Banyuasin terjadi secara resmi pada 7 September 2017. Perubahan ini didasarkan pada Keputusan Menteri Agama (KMA) Nomor 676 Tahun 2017 tentang Perubahan Nama Madrasah Aliyah Negeri, Madrasah Tsanawiyah Negeri, dan Madrasah Ibtidaiyah Negeri di Provinsi Sumatera Selatan.